Для проверки и восстановления всех таблиц во всех базах, например после внештатной перезагрузки сервера, воспользуйтесь утилитой mysqlcheck и в консоле выполните

mysqlcheck -u root -p —auto-repair —check —all-databases

Далее увидев все поврежденные таблицы во всех базах восстанавливаем MYISAM таблицы утилитой myisamchk

myisamchk —silent —force —fast —update-state —key_buffer_size=512M —sort_buffer_size=512M —read_buffer_size=4M —write_buffer_size=4M /var/lib/mysql/database/*.MYI