Для поиска того, что занимает место на linux сервере я использую простой способ:
В корневой директории исполняю
du -h --max-depth=1 --block-size=1M . | sort -n -r

Получаю отсортированный список файлов и папок, начиная с самых объемных. Далее просто прохожусь по этим папкам той же командой и нахожу проблемы с использованием свободного места. Это позволяет буквально за несколько минут найти папки или файлы, занимающие значительный объем пространства.

Не забываем, что общий объем свободного и занятого пространства можно посмотреть командой
df -h